Brankial yarık anomalilerinin kesin tedavisi ameliyat ile tamamını çıkarmaktır. Eksik çıkarılan brankial kistler tekrarlayabilir. Akut enfeksiyon mevcutsa ameliyattan önce antibiyotik tedavisi verilir.
Bazen brankial yarık anomalisinin yolu boğazın arkasına uzanır. Bu durumda kanal kalıntısının tamamen çıkarılması için ağızdan endoskopik görüntüleme gerekebilir. Bu yol eğer bademcik yatağına uzanırsa, aynı zamanda bademcik ameliyatı da gerekebilir.
Boyun ameliyatları damar ve sinir gibi pek çok önemli yapının yakınında yapıldığı için her zaman bazı riskler taşır; deneyimli ellerde çoğu komplikasyonsuz tamamlanır.
En büyük risk kistin tekrarlamasıdır. Brankial yarık kalıntısı bütünüyle çıkarılmazsa kist tekrarlar. Hastaların büyük çoğunluğunda kist tek bir prosedürde başarıyla çıkarılır ve hiçbir zaman başka bir problem yaşanmaz.
Boynun büyük damarları, yani boyundaki ana atar ve toplar damarlar genellikle brankial yarık anomalisinin duvarı ile yakından ilişkilidir. Bunları kistten ayırmak ve korumak için büyük özen gösterilmelidir aksi takdirde yaralanabilirler.
Ayrıca dili hareket ettiren sinir ile ses tellerinin hareketini sağlayan sinir, yüzün alt kısmını hareket ettiren sinir ve omuzlarımızı kaldırmamızı sağlayan sinir ameliyat sahasının çok yakınından geçer. Bu prosedürde bu sinirlerin yaralanması nadirdir, ancak konumlarından dolayı yaralanma ihtimalleri vardır.