العلاج النهائي لتشوهات الشق الغلصمي هو الاستئصال الجراحي الكامل. فالكيسات الغلصمية التي تُستأصل بشكل غير كامل قد تتكرر. وفي حال وجود عدوى حادة، يُعطى العلاج بالمضادات الحيوية قبل الجراحة.
أحيانًا يمتد مسار تشوه الشق الغلصمي إلى مؤخرة الحلق. وفي هذه الحالة قد يلزم التصوير بالمنظار عبر الفم لاستئصال بقايا المجرى بالكامل. وإذا امتد هذا المسار إلى حفرة اللوزة، فقد يلزم أيضًا إجراء جراحة استئصال اللوزتين.
تنطوي العمليات الجراحية في العنق دائمًا على بعض المخاطر لأن العمل يجري بالقرب من بنى مهمة كثيرة كالأوعية الدموية والأعصاب، لكن معظمها يُجرى دون مضاعفات بفضل الجراحين ذوي الخبرة.
أكبر خطر هو تكرار الكيسة. فهي تتكرر إذا لم تُستأصل بقايا الشق الغلصمي بالكامل. وفي الغالبية العظمى من المرضى، تُستأصل الكيسة بنجاح في إجراء واحد ولا تحدث أي مشكلة أخرى على الإطلاق.
عادةً ما تكون الأوعية الكبيرة في العنق، أي الشرايين والأوردة الرئيسية فيه، مرتبطة ارتباطًا وثيقًا بجدار تشوه الشق الغلصمي. ويجب توخي عناية كبيرة لفصلها عن الكيسة وحمايتها، وإلا فقد تتعرض للإصابة.
كما يمر بالقرب الشديد من موضع الجراحة العصب الذي يحرك اللسان، والعصب الذي يحرك الحبال الصوتية، والعصب الذي يحرك الجزء السفلي من الوجه، والعصب الذي يمكّننا من رفع أكتافنا. وإصابة هذه الأعصاب في هذا الإجراء نادرة، لكن احتمال إصابتها قائم بسبب موقعها.